方正證券有限責任公司的前身是浙江證券,成立於1988年。1990年,公司改組為全民所有制地方性金融企業。1994年10月,浙江證券改組為有限責任公司。浙江證券有限責任公司是新中國證券市場的開拓者和探索者之一,很長一段時間以來,一直充當著國內證券市場引領者的角色,創造了多項浙江乃至全國證券業務方面的"第一",如:1990年推薦了全國第一只異地股票"浙江鳳凰"到上海證券交易所上市;1996年在"信聯股份"發行中首創了"全額預繳、比例配售、餘額即退"的發行模式;1997年主承銷首家在倫敦證券交易所以GDR形式和在上海證券交易同步上市的"東電B股";公司是全國最早開展B股業務的公司之一。
2002年8月,方正集團入主浙江證券。2003年9月1日,公司正式更名為方正證券有限責任公司。新公司按照《證券法》、《證券公司管理辦法》和《證券公司內部控制指引》等法律法規的要求,對內部進行了全方位強有力的改革、改制和調整工作,在較短的時間內取得了明顯成效。2004年,方正證券在全國券商股票承銷金額的排名中位列第十;公司的上市公司財務顧問項目數排名第五;公司營業部經紀業務部均交易量排名第十六。公司目前在全國共設有17家證券營業部和7家證券服務部,其中8家營業部和7家服務部分布在浙江省內以杭州為中心的經濟發達地區,省外9家營業部分布在上海、深圳、北京、天津、武漢、鄭州等中心城市,形成了"立足浙江,走向全國"的營業網點分布格局。